1.

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村上, 清史
出版情報: 広報 : KUIPC.  21  pp.35-36,  1998-02-01. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/5786
概要: がん研究所ホームページ
2.

その他

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金沢大学フロンティアサイエンス機構 ; 田中, 弘之 ; 木矢, 剛智 ; 谷口, 健司 ; 鈴木, 克徳 ; 村上, 清史
出版情報: FSO Newsletter = Frontier Science Organization Newsletter.  5  pp.1-8,  2009-05-22.  金沢大学フロンティアサイエンス機構 = Frontier Science Organization Kanazawa University
URL: http://hdl.handle.net/2297/30088
3.

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村上, 清史
出版情報: 講義録・研究者になりたい人のための倫理--先端科学を中心に.  pp.1-2,  2006-12-01.  金沢大学 — 金沢大学21世紀COEプログラム「発達・学習・記憶と障害の革新脳科学の創生」
URL: http://hdl.handle.net/2297/5488
概要: 金沢大学がん研究所 
4.

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村上, 清史
出版情報: 金沢大学十全医学会雑誌.  110  pp.1-,  2001-01-01. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/4627
5.

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村上, 清史 ; Murakami, Seishi
出版情報: 平成19(2007)年度 科学研究費補助金 基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2007 Fiscal Year Final Research Report Summary.  2005-2007  pp.12p.-,  2008-05.  金沢大学がん研究所
URL: http://hdl.handle.net/2297/00050053
概要: テロメラーゼは抗がん剤研究の有力な標的である。本年度、FLAG標識hTERT発現HeLa細胞のヒトテロメラーゼ複合体とhTERTと相互作用するヌクレオリンの生物的機能の解析(村上)、hTERT発現による不死化ヒト初代細胞系の解析(本多)、更 に細胞の増殖・分化などに重要な役割を担う受容体型チロシンキナーゼの解析(善岡)を行った。得られた主な結果は、1)HeLa細胞にFLAG-hTERTを導入して得られた活性型組み換え型テロメラーゼは、昆虫細胞系2成分発現ヒトテロメラーゼ複合体と類似して、分子篩法で2種類の複合体(IとII)に分画された。Hsp90を含まず、Hsp90阻害剤に耐性の複合体Iと、Hsp90を含む後者の複合体IIは、Hsp90阻害剤に感受性を示し内在性及びFLAG標識hTERTは共に不安定であった。また内因性hTERTとFLAG-hTERTの大半は複合体Iに分布した。ヌクレオリンが複合体Iに含まれ、複合体IIには殆ど含まれない。これらの結果は、細胞内で異なる2種類の活性型テロメラーゼ複合体が存在し、テロメラーゼの異なる局在或いは活性型テロメラーゼの異なる機能を示唆した。2)hTERT発現レトロウイルスベクターをヒト正常線維芽(BJ)細胞に感染させ、hTERT発現細胞が不死化した細胞株を樹立した。ジーンチップ解析では、hTERT導入不死化BJ細胞ではBJ細胞に比較し、細胞増殖、細胞周期に関与する因子の発現亢進が認められた。3)hTERTと特異的に相互作用するヌクレオリンは、C型肝炎ウイルス(HCV)複製に必須であることが、ヌクレオリン結合性を消失したHCV NS5B変異を持つHCVサブレプリコン系ではHCV複製が全く起きないことと、RNAi法でヌクレオリン発現が低下した細胞では、HCV複製が大きく低下する結果により示された。<br />Since telomerase activity is barely detectable in primary cells but clearly detected in cancerous cells, telomerase has been considered to be a strong candidate of the targets to cancer treatment In the fiscal year, we concentrated in several experiments including purification and characterization of recombinant human telomerase complex, and biological function of the specific interaction of nucleolin and hTERT recovered from a HeLa cell line stably expressing FLAG-hTERT (Murakami), analyses of human primary cells immortalized by hTERT (Honda), and the tyrosine kinases of receptor type which play critical odes in cell proliferation and differentiation (Yoshioka). The followings are the main conclusions of the experiments.1) The partially purified active telomerase complexes comprise two different complexities, complex I (around 680 kDa), and complex II (around 400 kDa), that are quite alike to those that can be recovered firm the insect cells co-expressing FLAG-hTERT and hTERC. The com plex I does not contain Hsp90 and is resistant to Hsp90 inhibitors, whereas complex II contains Hsp90 and is sensitive to Hsp90 inhibitors. Human TEAT in the complex II is rather unstable during incubation in vim and in ring. Such unstable property was not observed with the complex I. Since MG132, a specific proteasome inhibitor, but not MG133, a negative control, stabilized hTERT in the complex Z strongly suggesting that hTERT in the complex If is under degradation pathway under the control of proteasome. The two different complexities of human telomerase seem to imply two different entities of active telomerase in different subcellular localization or its different functions. 2) We have established a cell line of the human primary fibroblasts(BJ cells) stably expressing hTERT, and we compared expression profiles of RI cells and the KJ cells immortalized by MERE Some genes involving in cell cycle progression and cell proliferation were evidently expressed higher in the immortalized 131-hTERT than these in in the primary cells. 3) Nucleolin, one of the specific interacting partners of hTERT can bind to Hepatitis C Virus (HCV) NS5B, RNA-dependent RNA replication of HCV. We evaluated the role of the specific interaction of nucleolin and NS5B in HCV replication. The HCV subreplicon system has been applied for the address We found that the HCV subreplicons harboring alanine substitution mutations or mutation at the residue(s) either one of two critical sequences within NS5B both of which are necessary for the nucleolin-binding could not replicate at all in a transient HCV replication system in HepG2 ml/s., although the wild replicon could support efficient HCV. By introducing transiently RNAi of nucleolin, that down regulated expression of nucleolin by half to one third, reduced HCV evidently reduced HCV replication using the HCV subreplicon system. Taken together, the specific interaction of nucleolin and NS5B is critical for HCV replication.<br />研究課題/領域番号:17390091, 研究期間(年度):2005-2007 続きを見る
6.

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村上, 清史 ; Murakami, Seishi
出版情報: 平成16(2004)年度 科学研究費補助金 基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2004 Fiscal Year Final Research Report Summary.  2002-2004  pp.7p.-,  2005-03.  金沢大学がん研究所
URL: http://hdl.handle.net/2297/00050054
概要: HCVの持続感染の遮断が肝がん発症のリスクを低下させると期待される。RNA依存RNA合成酵素(RdRP)であるNS5BはHCV複製遮断の有力な標的である。NS5Bに集約型(Cm)及び置換型(Pm)変異を導入しRdRP活性の検討を行い、RdR P活性に必須な5残基を新たに報告した。本研究では、RdRP活性と構造の研究を進め、NS5Bと相互作用するHCV NS5Aと宿主蛋白ヌクレオリンのRdRP活性への影響と、in vitroで得られた知見がHCV複製に与える影響を解析し、以下の成果を得た。1)NS5Bがオリゴマー化することを見い出し、Cm変異解析によりオリゴマーに必須な2残基は、活性中心より離れたRdRP活性に必須な2残基と一致した。これはRdRP活性にオリゴマー化が必須であることを示した。2)NS5BとNS5Aの特異的結合を見い出し、NS5Bの4配列とNS5Aの2つの領域が相互作用に必要である。精製NS5Aは少量でRdRP活性を促進し、多量でRdRP活性を阻害した。3)我々は、ヌクレオリンとNS5B相互作用を見い出し、2蛋白の相互作用領域を限定した。この結合がNS5Bの細胞内局在に影響を与えた。4)MILE HCV RNAレプリコン系を用いて解析した結果、RdRP活性に必須な5アミノ酸残基がHCV複製に必須であった。5)HCV RNAレプリコン系にNS5AのNS5B結合領域にCm或はPmを導入した解析で、NS5B結合変異NS5AではHCV複製が起きず、NS5AとNS5Bとの相互作用がHCV複製に必須であることを強く示唆した。6)ヌクレオリンとNS5Bの相互作用の影響をHCV RNAレプリコン系で検討した。ヌクレオリン結合領域にCm或はPmを持つレプリコンは、HCV複製が起きないか極端に低下していた。SiRNA法でヌクレオリン発現が一時的に低下した細胞では、Hcv複製が1/3-1/4程度に低下した。<br />Eradication of HCV persistent infection may prevent or delay incidence of hepatocellular carcinoma. HCV NS5B is RdRP that is a strong target to eradicate HCV replication. In hope to find novel strategies, we had identified 5 residues of NS5B critical for RdRP activity by introducing clustered alanine substitution (Cm) and point alanine substitution. This grant aims to get further insight of structure and function of RdRP enzyme, to characterize NS5B-interacting partners, NS5A and a host factor nucleolin, and finally to evaluate these interactions and mutations of NS5B on HCV RNA replication using a HCV RNA replicon system. Followings are the results we obtained.1)Oligomer formation of NS5B was observed and two residues were defined by scanning the Cm and Pm libraries to be critical for oligomer formation. Interestingly the two residues are among the residues indispensable for RdRP activity, strongly suggesting that oligomeric interaction might be prerequisite for RdRP activity. 2)Speci fic interaction between NS5B and NS5A was found. The critical regions of the two factors for the interaction were mapped, 3)We found NS5B truncated at C-terminal was enriched in nucleoli. Nucleolin was defined to the interacting factor with NS5B. The NS5B-binding fragments did not affected much RdRP activity, although the interaction affected the subcellular localization of NS5B. 4)We evaluated whether the critical 5 residues for RdRP in vitro are indispensable for HCV replication using MlLE HCV RNA replicon. Actually all the residues are absolutely required for HCV replication. 5)Using HCV replicon harboring mutations of NS5A that are defective in NS5B-binding, we evaluated the role of the NS5A-NS5B interaction in HCV replication. Cm mutants and some Pm mutants within the regions necessary for NS5B-binding could not support HCV replication, strongly suggesting the importance of the inter action. 6)We evaluated the interaction of nucleolin and NS5B in the HCV RNA replicon system. Cm mutant of NS5B defective in nucleolin-binding could not support efficient HCV replication. Transient knock-down of nucleolin with siRNA greatly reduced the G418-forming foci, strongly suggesting that the interaction of nucleolin and NS5B is critical for HCV replication.<br />研究課題/領域番号:14370054, 研究期間(年度):2002-2004 続きを見る
7.

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村上, 清史 ; Murakami, Seishi
出版情報: 平成14(2002)年度 科学研究費補助金 基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2002 Fiscal Year Final Research Report Summary.  2000-2002  pp.9p.-,  2003-03.  金沢大学がん研究所
URL: http://hdl.handle.net/2297/00050055
概要: HCVの持続感染の遮断が肝がん発症のリスクを低下させると期待される。HCVは宿主とは異なるRNA複製過程があり、RNA依存RNA合成酵素(RdRP)であるNS5BはHCV複製遮断の有力な標的である。HCV複製の阻止を目標に、HCVNA5Bの 構造と機能の検討を行った。我々は、1)集約型と点置換アラニン変異を系統的に導入し、NS5BのRdRP活性に必須である5アミノ酸残基を新たに特定した。RdRP活性には鋳型結合能は要求せず、鋳型/primer結合能を要求した(Hepatol., 2001)。2)NS5Bがhomomericにオリゴマー化することを見い出し、オリゴマーに必須な2残基を特定した。各種置換変異による解析から、この2残基の交換が可能である結果を得た(J.Biol Chem., 2002)。3)NS5BとNS5Aの特異的結合を見い出し、集約型アラニン置換変異NS5Bによる解析から4配列がNS5A結合に必要な領域と限定し、NS5AがNS5BのRdRP活性を修飾することを見い出した(J.Biol.Chem., 2002)。4)ヌクレオリンと全長型NS5Bの膜構造での共局在を見い出した。相互作用はヌクレオリンのC端側の領域と、NS5Bでは2つの領域に限定された。ヌクレオリン結合欠損のNS5Bの変異で、全長NS5Bとヌクレオリンの共局在は観察されなかった(J.Biol.Chem., in press, 2003)。HCV複製の阻害剤開発の新たなデザインとして、NS5Bのオリゴマー化、NS5Aとの相互作用、及びヌクレオリン結合領域が標的となる可能性を示唆した。今後HCVレプリコン系を用いたHCV複製の効果の比較が必要である。<br />As inhibition of HCV replication is expected to reduce or even block incidence of HCV-associated hepatocellular carcinoma, HCV NS5B, aRNA-dependent RNA polymerase, might be a strong target for drug designs to inhibit HCV replication. The main results are followings. 1) 5 residues of NS5B were newly identified to be critical for RNA-dependent RNA synthesis (RdRP) activity. 2)Two residues among them located far from the RdRP catalytic center were specified to be indispensable ones for oligomerization of NS5B. The oligomerization of NS5B was found to be prerequisite to RdRP activity of NS5B by demonstrating that the two residues are residue-specific and exchangeable for oligomerization and RdRP activities. 3)Specific interaction between NS5A and NS5B was characterized, and we found that NS5A can modulate RdRP activity through the direct interaction in vitro. 4) Nucleolin, was found to bind directly to NS5B and affected subcellular localization of NS5B when the C-terminal membrane-attachment domain was truncated. These interaction surfaces of NS5B would be putative targets for drug designs to inhibit HCV replication.<br />研究課題/領域番号:12558084, 研究期間(年度):2000-2002 続きを見る
8.

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村上, 清史 ; Murakami, Seishi
出版情報: 平成12(2000)年度 科学研究費補助金 基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2000 Fiscal Year Final Research Report Summary.  1999-2000  pp.10p.-,  2001-03.  金沢大学がん研究所
URL: http://hdl.handle.net/2297/00050056
概要: HCVの持続感染の遮断が肝がん発症のリスクを低下させると期待される。HCVは宿主とは異なるRNA複製過程があり、RNA複製酵素であるNS5BはHCV複製遮断の有力な標的である。HCV複製の阻止を目標に、HCV複製酵素NS5Bの構造と機能の検 討と、NS5Bの宿主の炎症応答経路への影響の検討を行った。我々は、集約的な及び1残基のアラニン置換変異を系統的に導入し、NS5Bの諸機能を解析した。その結果1)NS5BのRNA依存RNA合成(RdRP)活性に必須である5アミノ酸残基を新たに特定した(Hepatology,in press)。2)NS5BのRdRP活性には、鋳型結合能は要求せず、鋳型/primer結合能を要求した。Y276が鋳型/primerに必須なアミノ酸残基として特定された。3)活性中心より離れたRdRP活性に必須2残基が、NS5Bのhomomericな相互作用に関わることを見い出し、各種の置換変異を用いてhomomericな作用がRdRP活性に必須で、この2残基は相互作用に直接関わる残基の可能性が強く示唆された。4)NS5Bの過剰発現系で炎症関連シス配列AP-1、NFkBの活性化を認めた。しかしアラニンスキャンでNS5Bの特定配列との相関が認められず、発現量によってNS5Bの転写活性化効果は変動した。NS5Bによる炎症関連遺伝子の修飾の可能性はあるが、感染時にHCVの他の蛋白が同時発現する条件で、NS5Bの微量発現が今回観察された効果が得られるか否かは今後の検討に残された。<br />Eradication of HCV has been expected to reduce or prevent incidence of HCC.HCV NS5B, RNA-dependent RNA polymerase(RdRP), is a target to inhibit HCV replication. We constructed a series of clustered and point alanine substitution mutations of NS5B and examined the effects of the mutations on functions of NS5B.The results are followings. 1)5 amino acid residues were newly identified to be indispensable for RdRP activity(Hepatology, in press). All are outside of the motifs conserved among RdRPs and reverse transcriptases. The result may provide desigins for specific inhibitors for HCV RdRP.2)RdRP activity of NS5B requires not template binding but template/primer. All mutants negative in the template binding are positive in RdRP activity except Y276A which is both negative in template/primer binding and RdRP activity. 3)The two residues apart from the catalytic center of RdRP activity are important for oligomerization of NS5B which we could find to be essential for RdRP activity. 4)Overexpression of NS5B activated AP-1 and NF-kB critical for acute inflammatory response, but a NS5B sequence could not be specified to be responsible for the activation which is influenced by expression level of NS5B.NS5B may modulate inflammatory responses but it remains addressed whether our observation has biological relevance in chronic HCV infection where a low amount of NS5B with coordinated expression of the other NS proteins is expected.<br />研究課題/領域番号:11694257, 研究期間(年度):1999-2000 続きを見る
9.

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村上, 清史 ; Murakami, Seishi
出版情報: 平成13(2001)年度 科学研究費補助金 基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2001 Fiscal Year Final Research Report Summary.  1999-2001  pp.11p.-,  2002-03.  金沢大学がん研究所
URL: http://hdl.handle.net/2297/00050057
概要: HBV X蛋白(HBx)の核内標的であるRPB5の機能解析を目的とした研究で得られた主な成果は、1)基本転写因子TFIIFとRPB5の特異的結合を見い出し、アラニン置換でスキャンした結果、RAP30のY124とQ131がRPB5結合に必須な 残基として特定された。培養細胞内で内在性PolIIが野生型のRAP30を含むTFIIFと会合したがRAP30のY124A叉はQ131A変異を持つTFIIFとは会合せず、PolIIとTFIIFの会合にRAP30とRPB5の結合が必須である(JBC,2001)。2)RPB5の2重鎖DNA結合能を見い出した。アラニン置換変異による解析から、DNA結合能に必須な4アミノ酸残基を特定した。その内T111及びS113の2残基は、DNA結合への直接寄与が示唆された。結晶モデルでプロリン残基(P80とP112)の寄与が予測されたが、我々はこれらの残基の影響を認めなかった。3)RMPは細胞質と核に共に見い出された。RMPの細胞内局在には、C端側にある核移行シグナル(NLS)とN端側のcoiled coilドメインの細胞質局在シグナル(CLS)が重要な寄与をする(投稿準備中)。4)RPB5との相互作用の局面で、HBVX蛋白に拮抗する新規蛋白RMPの機能解析を目的として、酵母Two-hybrid法でRMPに相互作用する蛋白を選択した。その結果、RMP自体が単離され、繰り返し単離された候補のcDNAは、DNAメチル化に関わりcorepressor機能が報告されている蛋白であった。培養細胞でこれらの蛋白とRMPとの特異的結合を確認した。<br />RPB5 at the tip of the lower jaw of pol II is involved in activated transcription and interacts with basal transcription factors and Hepatitis B Virus X protein (HBx). A crystal model of pol II predicted RPB5 is close to DNA downstream to transcription start site. 1) RPB5 was found to bind to recombinant TFIIF reconstituted consisting of RAP30 and RAP74. The central parts of RAP30 and RPB5 are critical for the binding. By scanning clustered, then point alanine-substitution mutants of RAP30, two residues, Y124 and Q131, were found to be critical for the RPB5-binding. Endogenous pol II was recruited to TFIIF consisting of wild RAP30 but not mutant RAP30 at aa124 or at aa131. 2) We found that RPB5 retains ability to bind to double-stranded DNA. The 4 amino acid residues in the exposed domain of RPB5 were identified to be critical for the DNA- binding analyzed by scanning alanine substitution mutants of the exposed domain. Among them, T111 and SI13 would be directly involved in the DNA-binding. 3) RMP (RPB5-mediating protein), a functional antagonist of HBx, has a coiled-coil domain at the N-terminal, RPB5-binding region, and the C-terminal region responsible for co- repressor activity. The coiled coil domain harboring cytoplasmic localization signal (CLS) and a NLS located at the C-terminal region are both important for cytoplasmic and nuclear localization of RMP. 4) To analyze function(s) of RMP, RMP-interacting partners were searched by yeast two hybrid screening. RMP, by itself, was screened and found to interacts with RMP in vitro and in mammalian cells. Another candidate, repeatedly screened out, has been reported to be a corepressor and involved in DNA methylation. Biological outcome of the interactions remains to be examined.<br />研究課題/領域番号:11480200, 研究期間(年度):1999-2001 続きを見る
10.

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村上, 清史 ; Murakami, Seishi
出版情報: 平成10(1998)年度 科学研究費補助金 国際学術研究 研究成果報告書 = 1998 Fiscal Year Final Research Report Summary.  1997-1998  pp.11p.-,  1999-03.  金沢大学がん研究所
URL: http://hdl.handle.net/2297/00050058
概要: HBV X蛋白(HBx)がRNAポリメラーゼサブユニットRPB5と結合し、転写装置を修飾する可能性を検討した。本研究は、ウイルス制御蛋白が転写装置と直接相互作用し転写を正又は負に修飾する研究であり、転写装置の新しい局面を明らかにする研究と位 置付けられる。この研究で得られた成果は、1)HBxが転写基本因子TFIIBとRPB5とに相互作用することを見い出した。置換変異HBxを用いた検討により、3者間の相互作用領域がHBxによるトランス活性化に必要であることを確認した(J.Biol.Chem.,‘97)。2)in vitro及びin vivo転写系で人為的プロモータを用いて、HBxは転写活性化因子として機能せず、転写補助因子として種々の異なった転写活性化系にCoactivatorとして機能した(J.Biol.Chem.,‘98)。3)RPB5が制御蛋白と相互作用するサブユニットであることから、RPB5と結合する新規蛋白の単離・同定を進めた。ヒトcDNAライブラリーからRPB5結合蛋白cDNAの単離を行い、新規のRMP(RPB5-mediatingprotein)を同定した(Mol.Cell.Biol.,‘98)。RMPは、TBPやHBxとの結合能は示さず、RPB5と特異的に結合した。HepG2細胞を用いてRMPを過剰発現すると、HBxによるトランス活性化が抑制された。更にHBxの存在しない条件で、活性化転写を抑制するCorepressor活性を示した。RMPのRPB5結合領域が内部欠損変異RMP(RMP-Id150など)を用いた解析から、RMPが転写を負に制御する機能には、RPB5結合領域が必須であった。これらの結果は、RMPがHBxと機能的な拮抗因子であることを示唆した。4)p53とHBxの結合を生化学的に示し、p53及びHBxのトランス活性化が相互に干渉すること、しかしXトランス活性化能を欠くがp53機能を干渉する欠損変異HBxの存在を明らかにした。これらの結果はHBxのトランス活性化とp53への干渉とは区別されるHBxの機能であることを明らかにした(Cancer Res.,‘97).<br />HBx has been suspected to have positive roles in hepatocarcinogenesis. Previously e reported that RNA polymerase II subunit 5 (RPB5) is one of the targets of HBx, suggesting a possibility that HBx may modulate transcription machinery. Our main results are following. 1).The trimeric interaction among HBx, RPB5 and TFIIB is necessary for HBx transactivation since the substitution mutants defective in binding either to TFIIB or RPB5 are impaired in transacting ability (J.Biol. Chem., 272 : 317 (1997)). 2)By in vivo and in vitro transcription assays, GaIDB-fused HBx can not act as transcriptional activator, but HBx augmented activated transcription by Gal-VP16, indicating that HBx can act as a coactivator (J.Biol. Chem., (1998)). 3)We isolated a novel RPB5-mediating protein (RMP) by a far Western cloning. RMP strongly bound RPB5 but neither HBx nor TBP in vitro and in vivo. RMP counteracts HBx transactivation in a dose dependent manner. Furthermore, RMP acts as a co-repressor since it inhibits transcriptional activation by Gal-VPl6. These RMP functions requires its RPB5-binding region, suggesting that these functional interference is due to competition between HBx and RMP to bind RMP.These results suggest that RMP negatively modulates transcription process at the interaction step between RPB5 and TFIIB which might be the target process of HBx (Mol. Cell. Biol., (1998)). 4)HBx interacts with p53 and interferes p53-dependent transactivation. However, the interference of the p53 function by HBx is distinct from the transactivation of HBx (Cancer Res., (1997)).<br />研究課題/領域番号:09044278, 研究期間(年度):1997-1998 続きを見る