1.

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Wakaea, Kousho ; Nishiyama, Tomoaki ; Kondo, Satoru ; Izuka, Takashi ; Que, Lusheng ; Chen, Cong ; Kase, Kina ; Kitamura, Kouichi ; Md , Monjurul ; Wang, Zhe ; Ahasan, Md Monjurul ; Nakamura, Mitsuhiro ; Fujiwara, Hiroshi ; Yoshizaki, Tomokazu ; Hosomochi, Kazuyoshi ; Tajima, Atsushi ; Nakahara, Tomomi ; Kiyono, Tohru ; Muramatsu, Masamichi ; 西山, 智明 ; 近藤, 悟 ; 加瀬, 希奈 ; 喜多村, 晃一 ; 中村, 充宏 ; 藤原, 浩 ; 吉崎, 智一 ; 村松, 正道
出版情報: Scientific Reports = 8.  1  pp.9745-,  2018-12-01.  Springer Nature
URL: http://hdl.handle.net/2297/00053820
概要: 金沢大学医薬保健研究域医学系<br />Mitochondrial DNA (mtDNA) mutations are found in many types of cancers and suspected to be involved in carcinogenesis, although the mechanism has not been elucidated. In this study, we report that consecutive C-to-T mutations (hypermutations), a unique feature of mutations induced by APOBECs, are found in mtDNA from cervical dysplasia and oropharyngeal cancers. In vitro, we found that APOBEC3A (A3A) and 3B (A3B) expression, as well as mtDNA hypermutation, were induced in a cervical dysplastic cell line W12 when cultured in a differentiating condition. The ectopic expression of A3A or A3B was sufficient to hypermutate mtDNA. Fractionation of W12 cell lysates and immunocytochemical analysis revealed that A3A and A3B could be contained in mitochondrion. These results suggest that mtDNA hypermutation is induced upon keratinocyte differentiation, and shed light on its molecular mechanism, which involves A3s. The possible involvement of mtDNA hypermutations in carcinogenesis is also discussed. © 2018 The Author(s). 続きを見る
2.

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遺伝子研究施設 ; 西内, 巧 ; 堀家, 慎一 ; 西山, 智明 ; 浅野, 雅秀 ; 浅野, 智哉 ; 加藤, 智朗 ; 富樫, 真紀 ; 森, 美紀 ; 松井, 由美子
出版情報: 学際科学実験センター外部評価報告書.  pp.3-20,  2013-07-01.  金沢大学学際科学実験センター / 金沢大学 Kanazawa University
URL: http://hdl.handle.net/2297/35559
3.

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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 平成21(2009)年度 科学研究費補助金 特定領域研究 研究実績の概要 = 2009 Research Project Summary.  2008 – 2009  pp.2p.-,  2018-03-28. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/00060145
概要: 金沢大学 学際科学実験センター<br />ヒメミカヅキモ、シャジクモは、陸上植物に近縁な藻類であり、ヒメミカヅキモは生活環を通じて単細胞性であるが、シャジクモはn世代だけが多細胞体制を作る。n, 2n両世代で多細胞体制を作る陸上植物への進化 を解明するため、この2種でEST解析を進めた。昨年度決定したヒメミカヅキモNIES-67&68株 栄養増殖ステージに加え、A2 ヒメミカヅキモNIES-67株(接合型プラス)性分化誘導ステージ;A3 ヒメミカヅキモNIES-68株(接合型マイナス)性分化誘導ステージ;の完全長cDNAライブラリーを作製し各1万9200クローンについて両端からのESTシークエンスを行った。これにより合計116, 694配列のESTが得られた。この配列を以前から得られていたESTとともにアセンブルし10 620個のcontigを得た。シャジクモについては、B2 シャジクモ生殖器官形成直前ステージ;B3 シャジクモ受精直前ステージの完全長cDNAライブラリーを作製し合計73, 388配列のESTが得られた。また、ヒメツリガネゴケの受精卵の第一分裂に必要なPpLFY転写因子は陸上植物の2倍体の多細胞体制獲得に関与しているかもしれないのでその相同遺伝子をシャジクモから単離した。さらにヒメミカヅキモの形質転換の条件を検討し、安定な株を単離できるようにし、ESTから得られた候補遺伝子の機能解析を進めている。これらの結果は、今後、さらに新型シーケンサーを用いたdeepシーケンシング、ゲノム配列の決定を行い、多細胞体制獲得の鍵が何であったかを解明する基盤となる。<br />研究課題/領域番号:20017013, 研究期間(年度):2008 – 2009 続きを見る
4.

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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 平成19(2007)年度 科学研究費補助金 特定領域研究 研究実績の概要 = 2007 Research Project Summary.  2006 – 2007  pp.1p.-,  2018-02-12. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/00060182
概要: 金沢大学医薬保健研究域医学系学際科学実験センター遺伝子研究施設<br />ヒメツリガネゴケ、イヌカタヒバの全ゲノムショットガンシークエンスリード断片配列データから相同遺伝子の配列を探索、構造を予測し、データベースから探索した相同遺伝子の配列 ととも遺伝子系統樹を再構築するシステムを作成した。系統解析については、基礎生物学研究所生物進化研究室と共同で進め、被子植物で発生に関わる遺伝子を含む460遺伝子ファミリーについて系統解析を行った。結果として、シロイヌナズの発生に関わる遺伝子の約80%についてヒメツリガネゴケでもオーソログ候補が見つかり陸上植物進化の初期から保存されていることがわかった。さらに、遺伝子ファミリーを構成する遺伝伝子が、系統の分岐後に系統毎に遺伝子数を増加させている例が転写因子などに多数見つかった。また、ほとんどの系統で数が少数に維持されている遺伝子群は、細胞周期、細胞骨格、クロマチン修飾、光シグナル伝達に関わる因子に多かった。こうした遺伝子は、植物の生命活動維持に本質的に関わる物であって、ヒメツリガネゴケでは少数しかないが、被子植物の系統では多数に増えているような遺伝子が2倍体の多細胞体制の進化、特に2倍体の複雑化に関与していると予想される。上記系統解析で浮かび上がって来た植物ホルモン、ジベレリン信号伝達系について、ヒメツリガネゴケでは、被子植物と同様のジベレリン信号伝達系は働いていない事を明らかにした。5'SAGEに加え、計画班「下等植物の進化・多様性に関するゲノム研究」と共同で2倍体1ライブラリー1倍体4ライブラリーについて454システムを用いた3'末端配列決定を行い、各ライブラリーについて約40万個のmRNAの3'末端配列を決定した。このデータと、国際コンソーシアムとJGIと共同で進めたヒメツリガネゴケ概要ゲノム上の遺伝子を対応づけることで2倍体特異的に発現している遺伝子の同定を進めつつある。<br />研究課題/領域番号:18017010, 研究期間(年度):2006 – 2007<br />出典:「植物の多細胞体制進化の鍵となったゲノム進化の特定」研究成果報告書 課題番号18017010(KAKEN:科学研究費助成事業データベース(国立情報学研究所))(https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-18017010/)を加工して作成 続きを見る
5.

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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 平成17(2005)年度 科学研究費補助金 特定領域研究 研究概要 = 2005 Research Project Summary.  2005  pp.2p.-,  2018-03-28. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/00060216
概要: 金沢大学学際科学実験センター<br />ヒメミカヅキモ、シャジクモは、陸上植物に近縁な藻類であり、ヒメミカヅキモは生活環を通じて単細胞性であるが、シャジクモはn世代だけが多細胞体制を作る。n, 2n両世代で多細胞体制を作る陸上植物への進化を 解明するため、この2種でEST解析を進めた。昨年度決定したヒメミカヅキモNIES-67&68株 栄養増殖ステージに加え、A2 ヒメミカヅキモNIES-67株(接合型プラス)性分化誘導ステージ;A3 ヒメミカヅキモNIES-68株(接合型マイナス)性分化誘導ステージ;の完全長cDNAライブラリーを作製し各1万9200クローンについて両端からのESTシークエンスを行った。これにより合計116, 694配列のESTが得られた。この配列を以前から得られていたESTとともにアセンブルし10 620個のcontigを得た。シャジクモについては、B2 シャジクモ生殖器官形成直前ステージ;B3 シャジクモ受精直前ステージの完全長cDNAライブラリーを作製し合計73, 388配列のESTが得られた。また、ヒメツリガネゴケの受精卵の第一分裂に必要なPpLFY転写因子は陸上植物の2倍体の多細胞体制獲得に関与しているかもしれないのでその相同遺伝子をシャジクモから単離した。さらにヒメミカヅキモの形質転換の条件を検討し、安定な株を単離できるようにし、ESTから得られた候補遺伝子の機能解析を進めている。これらの結果は、今後、さらに新型シーケンサーを用いたdeepシーケンシング、ゲノム配列の決定を行い、多細胞体制獲得の鍵が何であったかを解明する基盤となる。<br />研究課題/領域番号:20017013, 研究期間(年度):2005<br />出典:「植物の多細胞体制進化の鍵となったゲノム進化の特定」研究成果報告書 課題番号20017013(KAKEN:科学研究費助成事業データベース(国立情報学研究所))(https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-20017013/)を加工して作成 続きを見る
6.

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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 平成27(2015)年度 科学研究費補助金 基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2015 Fiscal Year Final Research Report.  2012-04-01 - 2016-03-31  pp.4p.-,  2016-06-17. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/00052530
概要: 金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設<br />シャジクモ(Chara braunii)の概要ゲノム配列を解読した。シャジクモはストレプトファイツ類の中で陸上植物についで複雑な体制をもつ藻類であるシャジクモ類の中では小型の藻類で、実験 室内で短時間に世代を完了する事が可能である。この概要ゲノム配列は、11,808本のスキャッフォールドからなり、35883遺伝子座上に36887個の遺伝子モデルが予測された。染色体スケールのスーパースキャッフォルドを得るため二つの系統間の交配を行い、子孫が外交配によっている事をSNPにもとづいて設計したPCR-RFLPによって同定した。この子孫株について遺伝学的地図を作成するためのランダムシーケンスを行った。<br />A draft genome sequence of Chara braunii was determined. Chara braunii is a relatively small monoeicous alga in Charales, which we can culture in lab condition and induce reproductive organs in a short time. The draft genome consisted of 1.75 Gbp in 11,808 scaffolds. Half of the sequence is contained in 234 scafolds at least 2.26 Mb long and 90% is contained in 813 scaffolds at least 551,793 bp long. Gene prediction using RNA-seq data and homology to plant proteomes resulted in 36,887 gene models in 35,883 loci. Further to establish the chromosome scale super scaffold, genetic cross between two accessions were performed. PCR-RFLP primers were designed based on SNP data and progeny derived from out-crossing were determined. Random sequencing of the progeny are performed to construct genetic map based superscaffolds.<br />研究課題/領域番号:24370095, 研究期間(年度):2012-04-01 - 2016-03-31 続きを見る
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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 平成24(2012)年度 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究 研究成果報告書 = 2013 Fiscal Year Final Research Report.  2011-2012  pp.6p.-,  2014-06-02.  金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設
URL: http://hdl.handle.net/2297/00052531
概要: 次世代シーケンサーを用いて、系統学的に枢要な位置にある生物の転写産物とゲノム両方のシーケンシングを行う事で、これまで困難であった古い分岐順序を統計的に高い信頼性をもって推定する事ができるようにすることを目指して研究を進めた。ゲノムサイズが4 00 Mb以下程度の生物については核ゲノムまで決定する事が現実的に可能であることがわかった。ゲノム配列を決定する事は、発現量の低い遺伝子、全長の長い遺伝子までデータを取得する事を考えるとかえって安価であるかもしれない。<br />This research aimed at sequencing both the genome and the transcriptome of organisms that occupy pivotal position in the phylogeny to allow resolution of difficult phylogenetic problems such as deep branches with high statistical confidence. A liverwort species, Jungermannia infusca, with an estimated genome size of 386 Mb was sequenced and assembled, indicating that sequencing nuclear genome of less than 400 Mb is realistically doable, and could be less expensive than focusing RNA-seq when one want to obtain low-expression level genes and very long transcripts.<br />研究課題/領域番号:23657063, 研究期間(年度):2011-2012 続きを見る
8.

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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 平成27(2015)年度 科学研究費補助金 新学術領域研究(研究領域提案型) 研究成果報告書 = 2015 Fiscal Year Final Research Report.  2010-04-01 - 2016-03-31  pp.6p.-,  2016-06-17. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/00052532
概要: 金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設<br />非モデル生物において、複合適応形質を特定出来るようにするため、ゲノム解析、トランスクリプトーム解析、アノテーション、遺伝子発現比較の手法を開発した。新規ゲノム解析において、大インサート長 のメイトペアライブラリー作成技術を確立しMbレベルのスキャフォールドが得られるようになり、長リードデータを出力する単一分子シーケンサーの出力のエラー補正を行って100kb以上のContig長が得られるようになった。また、遺伝子発現比較のため新規の計数正規化法を開発してRパッケージTCCとして公開し普及させた。<br />Genome and transcriptome sequencing, assembly, and annotation methods and expression profile analysis methods were developed to facilitate identification of genes responsible for complex adaptive traits in non-model organisms. Long mate-pair library construction enabled over Mb scaffolds and assembly utilizing long reads with single molecule real-time sequencing technology by Pacificbiosciences enabled over 100-kb contigs in multiple species. A novel robust normalization method for digital gene expression analyses were implemented and distributed in the R package TCC.<br />研究課題/領域番号:22128008, 研究期間(年度):2010-04-01 - 2016-03-31 続きを見る
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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 平成20(2008)年度 科学研究費補助金 若手研究(B) 研究成果報告書 = 2008 Fiscal Year Final Research Report.  2007-2008  pp.4p.-,  2009-05-27.  金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設
URL: http://hdl.handle.net/2297/00052533
概要: 陸上植物の初期分岐等の系統が未だはっきり解明出来ない分岐を解明するため、単一遺伝子として維持されやすく、保存される領域が十分に長い遺伝子をゲノムから選抜しCHLH, RAD50, TOR, RRP5, ATM, BIGの6遺伝子についてシャ ジクモ(緑藻類)および陸上植物を含む多様な植物について配列決定可能なプライマーセットを開発し配列決定を行った。<br />研究課題/領域番号:19770062, 研究期間(年度):2007-2008<br />出典:「多数の核マーカーによる陸上植物の初期系統分化の解明」研究成果報告書 課題番号19770062(KAKEN:科学研究費助成事業データベース(国立情報学研究所))(https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-19770062/19770062seika/)を加工して作成 続きを見る
10.

論文

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西山, 智明 ; Nishiyama, Tomoaki
出版情報: 令和1(2019)年度 科学研究費補助金 基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2019 Fiscal Year Final Research Report.  2015-04-01 - 2020-03-31  pp.10p.-,  2021-06-21.  金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設
URL: http://hdl.handle.net/2297/00057976
概要: シャジクモの概要ゲノムとクレブソルミディウム、陸上植物などの比較で、シャジクモ以前に獲得された遺伝子、シャジクモと陸上植物の分岐以降に陸上植物の系統で獲得された遺伝子、シャジクモの系統で独自に増加した遺伝子を区別できるようになった。さらに、 広義のシャジクモ藻綱の藻類(ストレプトファイツ藻類)のゲノム解読がすすみ、コレオケーテ以外の主要な系統すべてについて、概要ゲノムにアクセスできるようになった。コレオケーテについては次世代シーケンサーによるcDNA配列大量決定を行い発現している遺伝子はアクセスできるようになった。<br />Comparison of Chara braunii draft genome and Klebosrmidum nitens, land plant genomes clarified which gene are present before the divergence of Charophyceae and land plants and lineage specific gain/expansion in each of Charophyceae and land plant lineages.Further, with the progress of genome sequencing, draft genomes of all major phyla except Coleochaetophyceae have become available. For Coleochaete, RNA-seq analyses have been done and most of expressed gene sequence data are made accessible.<br />研究課題/領域番号:15H04413, 研究期間(年度):2015-04-01 - 2020-03-31<br />出典:「シャジクモ藻綱全目ゲノム解読にもとづく陸上植物への進化解明」研究成果報告書 課題番号15H04413(KAKEN:科学研究費助成事業データベース(国立情報学研究所)) (https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-15H04413/15H04413seika/)を加工して作成 続きを見る