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論文 |
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景山, 誠二 ; Kageyama, Seiji
概要:
日本のHIV流行阻止のために,隣国フィリピンの流行阻止は重要であるが,これらの低流行国で入手可能な少数のHIV解析に依存した流行様式の解析・流行阻止は困難である.そこで,HIVが性行為感染者よりも先に注射薬物使用者(IDU)に流行の端緒が作
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られることに着目し,血液を媒介にIDUに侵入するHCVを代用マーカーとして「流行の核」を早期に発見する試みを始めた.ルソン,ビサヤ,ミンダナオの主要な都市圏に監視地域を得た.総検査数は,IDU由来1494検体を含む,2645検体に達した.HIV抗体陽性事例は3検体であり,フィリピンのHIVの低流行を裏付けた.しかし,注射薬物使用や透析によるHCV感染の頻度は高く,セブ都市圏の市街地居住のIDUにみられるHIV感染比率がわずかに0.40%であるのに比べ,抗HCV抗体陽性比率は89%である.また,HCV株(ルソン,48株;ビサヤ,366株,ミンダナオ,30株)について検討したところ,株の多様性は,マニラ首都圏を含むルソン地域に高く,特に,Subtype-1b(n=11),4(n=1),6(n=1)はこの地域にしかみられない.また,マニラ首都圏の株には,当地由来・その他の地域由来の何れの株よりも外国株に類似の株が存在する.このように,マニラ首都圏は,最も外国の影響を受けやすいことが示唆された.一方,系統樹解析から,Subtype-1a群には,上記3地域の株が混在しており,HCV株は3地域の間を短期間に移動していることも示唆された.ミンダナオの株(n=30)は全てSubtype-1aであり,多様性は低く,海路による南方からの血液媒介感染経路の存在は確認されていない.HIVがHCVと同様の経路で侵入・伝播すると仮定する場合,血液を媒介に流行するHIVは,マニラ首都圏から侵入し,短期間の内にセブ都市圏やミンダナオ地域に広がることが推測された.<br />The monitoring of an HIV infection is important for the prevention of an outbreak. However, it is difficult to identify the early phase of an epidemic only by HIV monitoring and we add the monitoring of Hepatitis C virus (HCV) to be used for a surrogate marker of blood-borne IIN infection. Blood-borne HIV infections have been considered to be the spread measures at initial phase of an outbreak before sexual contact-related infections.Surveillance areas have been organized in Luzon, Visaya, and Mindanao in the Philippines, and totally 2,645 samples have been tested including 1,494 ones from injecting drug users (IDUs). HIV has been rarely detected, which supports the low prevalence of HIV infection in the Philippines. However, the blood-borne HCV infections are prevalent among IDUs and dialysis patients. The percentage of HCV infections among IDUs at downtown in Metro Cebu (the center of Visaya) were 8936 although that of HIV was few, 0.40%. The profiles of HCV indicated that the variety of the strains prevalent in Metro Manila (capital of the Philippines and the center of Luzon) has been biggest Subtype-1b, genotype-4 and 6 were only observed in Metro Manila Moreover, some of them strains bad higher homology to foreign strains than those prevalent in Metro Manila. The strains variety may indicate that the foreign strains may preferentially enter into Metro Manila than other areas. Some strains collected in three areas (shown above) mixed together in the Phylogenetic trees, suggesting HCV stains may circulate quickly in the Philippines.The results of HCV study indicate that WV may enter into Metro Manila and circulate into other area in the Philippines.<br />研究課題/領域番号:16406014, 研究期間(年度):2004-2007<br />出典：「フィリピンのHIV流行阻止のためのハイリスク集団把握と流行経路予測の試み」研究成果報告書 課題番号16406014 (KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）) 本文データは著者版報告書より作成
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論文
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所, 正治 ; Tokoro, Masaharu
概要:
ジアルジアの種内多型形成メカニズムとして地理的隔離と宿主特異性によるライフサイクルの隔離を想定し、多地域由来のジアルジアサンプルと同一地域の異なる宿主由来のジアルジアサンプルをインドネシアにおいて採取し、遺伝子型解析を実施した。具体的には2
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年間に4回のインドネシアの孤島地域でのフォールドワークを実施し、ヒト及び動物由来の計100サンプルを越えるジアルジアについて遺伝子型解析を実施した。その結果;1)ヒトのサンプルからは、いずれの地域においても高いレベルで遺伝子配列の保存されているassemblage A特にA2と、極めて多型に富みほとんどの検出配列がリファレンスとの完全一致をみないassemblage Bの亜型が同定された。2)従来イヌに特異的と考えられてきたassemblage CやDが、一部のヒトの糞便から検出された。3)少なくとも現在のジアルジアの遺伝子型の地理的分布には地域性は存在せず、地理的隔離の影響は求められない。4)Assemblage Bでは同一地域のヒトとヒト以外のほ乳類の両方から検出されたが、各宿主に分布するジアルジアの遺伝子多型にはそれぞれに優位な単系統のクラスターが認められたことから、何らかのライフサイクルの隔離機構が存在し各亜型に独自の変異蓄積が起こっている可能性が示唆された。つまりジアルジアの著しい種内多型の存在は、異なる宿主における部分的な隔離の継続といった同一地域での棲み分けをベースに成立・維持されていると考えられことから、世界中に分布する本原虫に対する新たな戦略構築には人獣共通感染症とこの微少隔離の制御の視点が重要である。<br />We aimed to determine the status of intra-species genetic diversity of Giardia intestinalis and the factors that contribute to the maintenance of population diversity in this species. Giardia samples collected from various mammals (dog, pig, mouse and human) i n different geographical sites(Indonesia, Nepal and Japan) were analyzed using multilocus markers (18S small subunit ribosomal RNA, glutamate dehydrogenase and triosephosphate isomerase genes). In the human samples, various sub-genotypes within assemblage A and/or B were clearly classified ; however, no site-specific distribution of genotypes was observed. We also confirmed that assemblages C and D, which have been recognized as dog-specific genotypes, were present in a few human samples in a rural area of Indonesia. A comparison of the determined sequences of human and animal isolates collected at the same site specifically confirmed the presence of each sub-assemblage cluster within assemblage B.Taken together with previous indications of assemblage-level host specificities in G. intestinalis, these results demonstrate that host specificities could be partly responsible for the assemblage levels of genetic polymorphism in this pathogen, however the diversity within each assemblage especially assemblage B seemed not in the case. Although the present geographical distributions and isolations of the pathogen were not thought to be a driving force of its genetic diversity since the distribution did not indicate any locality, we showed here the possibility that niche separations in a site might be related to the diversity formation. Niche separation may enable Giardia to accumulate the unique mutations in the genome and maintain novel diversity within the clonal population.<br />研究課題/領域番号:18406007, 研究期間(年度):2006-2007<br />出典：「ジアルジアの種内変異に関する研究: インドネシアの孤立地域での遺伝子型分布」研究成果報告書 課題番号18406007 (KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）) 本文データは著者版報告書より作成
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