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横地, 英博
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紺井, 一郎 ; Koni, Ichiro
概要:
常染色体優性多発性嚢胞腎(ADPKD)患者家系の連鎖解析に用いられてきたマーカーは、本来は、PKD1遺伝子のポジショナルクローニングの際にできるだけ候補領域を狭めることを目的として開発されたものである。したがって、ヘテロ接合体性が低い等の問
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題点があり、実際の臨床の場での連鎖解析には不十分であった。本研究では、2塩基繰り返し配列を含むいわゆるマイクロサテライトマーカー5種(D16S521、D16S3024、UTR_05049_L33243、D16S3027、D16S423)を新たに検討し、これらと従来用いられて来たマーカーであるKG8を比較した。遺伝子型の同定には、ゲノムDNAを蛍光ラベルしたプライマーを用いてPCR法で増幅し、自動DNAフラグメント解析装置で解析した。健常人50名の100遺伝子型を用いた検討では、D16S3024、D16S3027およびD16S423はへテロ接合体性が0.8以上と高く、従来のマーカーに比べ有用性が高いと考えられた。実際に、ADPKD家系を用いた検討で、D16S3024およびD16S423は連鎖解析に有用であった。また、蛍光プライマーを用いて自動DNAフラグメント解析装置で解析する方法は従来の方法に比較して簡便に施行でき、大量のサンプルの処理に適した方法であると考えられた。本研究により、実際の臨床に供し得る常染色体優性多発性嚢胞腎(ADPKD)の高感度・高出力連鎖解析法を確立しえたと考える。今後、本法はADPKDの遺伝子型_表現型関係解析、変異解析、非PKD1非PKD2家系のマッピングおよび原因遺伝子のクローニングなどに際して有力な手段となり得ると考えられる。<br />The need for an efficient linkage analysis strategy for autosomal dominant poycystic kidney disease (ADPKD) is rather increasing after the cloning of major responsible gene, PKD2, with large and complex gene structure. In general, markers for linkage study should have high heterozygosity, proximity to the disease locus, and productivity. To meet these requirement, we applied the high-throughput genotyping strategy using microsatellite markers to analyze linkage to PKD1. From the marker detabase of Cooperative Human Linkage Center, one intragenic (UTR.05049_L33243), two distal (D16S521, D16S3024), and two proximal (D16S3027, D16S423) markers were chosen for this evaluation. Genomic fragments including dinucleotide repeats were amprified with fluorescent-primers, and the sizes of the fragments were evaluated using ABI Prism 377 and GeneScan software. Heterozygosity of each marker was calculated based on the 100 genotypes obtained from 50 normal Japanese population. UTR_05049_L33243, as well as another intragenic polymorphic marker, KG8, had low heterozygosity (0.45 and 0.36, respectively). Three of the four neighboring markers, D16S3024, D16S3027, D16S423, had high heterozygosity (>0.80). In addition, three Japanese families inheriting ADPKD were analyzed for linkage to PKD1. LOD score tables were made using FASTLINK software. Two families were positively linked to PKD1, whereas the other one was unlinked. We conclude that high-throuput genotyping using D16S3 024, D16S3027, and D16S423 is very useful in the linkage analysis of ADPKD.<br />研究課題/領域番号:09671158, 研究期間(年度):1997-1998<br />出典：「常染色体優性多発性嚢胞腎患者の分子遺伝学的検討」研究成果報告書 課題番号09671158 (KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）) 本文データは著者版報告書より作成
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