1.

論文

論文
程, 肇 ; Tei, Hajime
出版情報: 平成26(2014)年度 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究 研究成果報告書 = 2014 Fiscal Year Final Research Report.  2013-04-01 - 2015-03-31  pp.4p.-,  2015-06-15. 
URL: http://hdl.handle.net/2297/00051934
概要: 金沢大学理工研究域生命理工学系<br />一般にmRNA のポリA 鎖長は不均一な分布をもち、その長さを簡便にかつ厳密に決定できる方法は現在ない。そこで従来のAnchored RT-PCR 法を改良して、PACHINCO (Po ly(A) Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR 法を構築した。この方法は遺伝子特異的5’PCR プライマーをゲノム全遺伝子のmRNA 3’UTR に対応させるだけで、全mRNA ポリA 鎖長をハイスループットに決定できる。実際、全自動型DNA 分析用マイクロチップ電気泳動装置を用いて、Per1 mRNA のポリA 鎖伸長を確認することができた。<br />In general, the length of poly (A) in eukaryotic mRNA shows a wide distribution, and at present, there is no precise and simple method to determine it. A novel method for its determination was developed with the improvement of conventional anchored RT-PCR, and designated as PACHINCO (Poly (A) Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR. The new method can be applied for the comprehensive determination of poly (A) in whole cellular mRNAs with simply replacing 5' primers used for PACHINCO-RT-PR with sequences involved in the corresponding 3'UTRs of mRNA. Indeed, the method was optimized for an automatic microchip DNA electrophoresis apparatus, and the elongation of poly (A) of Per1 mRNA was identified using this system.<br />研究課題/領域番号:25640100, 研究期間(年度):2013-04-01 - 2015-03-31 続きを見る
2.

論文

論文
程, 肇 ; Tei, Hajime
出版情報: 平成23(2011)年度 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究 研究成果報告書 = 2011 Fiscal Year Final Research Report.  2011  pp.4p.-,  2012-04-01.  金沢大学理工研究域生命理工学系
URL: http://hdl.handle.net/2297/00051936
概要: mRNAのポリA鎖長を決定する、PACHINCO(Poly(A) Capture by Hairpin ChimericOligonucleotide)-RT-PCR法を構築した。本年度は本方法を全自動型DNA分析用マイクロチップ電気泳動装 置(Shimadzu社)に適用するための条件の最適化を実施した。その結果、poly(A-T)鎖を効率的に検出する泳動条件を決定し、さらに、自動電気泳動装置からの出力データを用いたpoly(A)鎖長分布解析プログラムを開発した。<br />We have developed a novel method to determine the length of poly(A) in eukaryotic mRNA, and designated as PACHINCO(Poly(A) Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR. In this year, we optimized the application of the method to an automated microchip electrophoresis system(MultiNA, SHIMADZU), including the development of the distribution analysis algorithm of a variety of poly(A) length.<br />研究課題/領域番号:23651184, 研究期間(年度):2011 続きを見る
3.

論文

論文
程, 肇 ; Tei, Hajime
出版情報: 平成24(2012)年度 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究 研究成果報告書 = 2013 Fiscal Year Final Research Report.  2012-04-01 - 2013-03-31  pp.4p.-,  2014-06-02.  金沢大学理工研究域生命理工学系
URL: http://hdl.handle.net/2297/00056611
概要: 新規な真核生物のmRNAポリA鎖決定法であるPACHINCO RT-PCR 法を構築した。そして、本方法を全自動型DNA分析用マイクロチップ電気泳動装置に適用するための条件の最適化を実施した。その結果、実際にLarkによる哺乳類時計遺伝子P er1 mRNA のポリA鎖伸長を、明快に確認することができた。さらにスループット性と、ポリA鎖長の分析精度を飛躍的に高めることを目的に、この方法を大規模シークエンサへ適用することを試みた。その結果、ラット視交叉上核由来細胞とマウス視交叉上核細胞において、多数のポリA 鎖長に概日リズムが見られるmRNAを集積することができた。<br />I have constructed a novel method for the determination of poly(A) in eukaryotic mRNA, and designated as PACHINCO RT-PCR. The method was optimized for the application of automatic microchip DNA sequencers, and the elongation of the poly(A) of Per1 clock gene transcripts was clearly determined. Subsequently, the method was applied for NGS sequencers for the improvement of the throughput and analytical precision for poly(A) determination. Accordingly, I have collected mRNAs with the circadian oscillation of poly(A) length in both a rat suprachiasmatic nucleus derived cell line and mouse suprachiasmatic cells.<br />研究課題/領域番号:24651212, 研究期間(年度):2012-04-01 - 2013-03-31 続きを見る