金沢大学附属図書館 OPAC plus

論文

1. 視交叉上核由来細胞を用いた概日リズム形成ネットワークの同定とシミュレーション

程, 肇 ; Tei, Hajime

出版情報:	平成21(2009)年度科学研究費補助金特定領域研究研究実績の概要 = 2009 Research Project Summary. 2008 – 2009 pp.2p.-, 2018-03-28.
URL:	http://hdl.handle.net/2297/00060147

概要: 金沢大学理工学域自然システム学系 SCN由来細胞内mRNAレベルが示す振動性及び動的反応性をトランスクリプトーム解析により包括的に解析した。明期性の振動を示す二つのクラスターに含まれる遺伝子のプロモータ構造にはCRE及びE box … が高い頻度で存在した。この結果は明期性の振動の維持と迅速な位相シフトにはこの二つのシスエレメントが機能していることを示す。さらに、リズムのロバストネスに寄与する新たな暗期性の転写フィードバックループを予測した。実際このループに含まれる2つの遺伝子の変異体を用いた行動解析を行ったところ、行動リズム異常という表現型が得られた。次に位相後退時に特異的に誘導される遺伝子群の中でSNARE複合体に含まれる-因子を支配するSnap25に着目した。この遺伝子の変異体について調べたところ、細胞の振動体間同調異常に起因すると考えられる行動リズムの異常を示した。さらに哺乳類概日時計中枢細胞におけるリズムのロバストネスに寄与する新たな暗期性の転写フィードバックループと、細胞間同調に関する経路を含む概日転写リズム形成のネットワークをそれぞれモデル化した。現在このモデルに含まれる、それぞれの細胞内パラメータ(mRNA、タンパク質濃度、それぞれの合成及び分解速度)を測定して用いた詳細なシミュレーションを実施した。そして、予測された概日リズム形成の中心的役割を担う遺伝子の機能欠損型変異体を作製した。これらの変異体について、電気生理学的解析や行動などの生理学的解析を行い、実際に暗期転写フィードバックに必要な新たな経路を見出した。 研究課題/領域番号:20016030, 研究期間(年度):2008 – 2009 続きを見る

論文

2. 概日リズムをモデル系に新規ポリA鎖長決定法を用いた翻訳制御プラットフォームの構築

程, 肇 ; Tei, Hajime

出版情報:	平成26(2014)年度科学研究費補助金挑戦的萌芽研究研究成果報告書 = 2014 Fiscal Year Final Research Report. 2013-04-01 - 2015-03-31 pp.4p.-, 2015-06-15.
URL:	http://hdl.handle.net/2297/00051934

概要: 金沢大学理工研究域生命理工学系 一般にmRNA のポリA 鎖長は不均一な分布をもち、その長さを簡便にかつ厳密に決定できる方法は現在ない。そこで従来のAnchored RT-PCR 法を改良して、PACHINCO (Poly(A) … Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR 法を構築した。この方法は遺伝子特異的5’PCR プライマーをゲノム全遺伝子のmRNA 3’UTR に対応させるだけで、全mRNA ポリA 鎖長をハイスループットに決定できる。実際、全自動型DNA 分析用マイクロチップ電気泳動装置を用いて、Per1 mRNA のポリA 鎖伸長を確認することができた。 In general, the length of poly (A) in eukaryotic mRNA shows a wide distribution, and at present, there is no precise and simple method to determine it. A novel method for its determination was developed with the improvement of conventional anchored RT-PCR, and designated as PACHINCO (Poly (A) Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR. The new method can be applied for the comprehensive determination of poly (A) in whole cellular mRNAs with simply replacing 5' primers used for PACHINCO-RT-PR with sequences involved in the corresponding 3'UTRs of mRNA. Indeed, the method was optimized for an automatic microchip DNA electrophoresis apparatus, and the elongation of poly (A) of Per1 mRNA was identified using this system. 研究課題/領域番号:25640100, 研究期間(年度):2013-04-01 - 2015-03-31 続きを見る

論文

3. 新規ポリA鎖長決定法を用いた概日リズムが見られるmRNAのゲノムワイド検索

程, 肇 ; Tei, Hajime

出版情報:	平成23(2011)年度科学研究費補助金挑戦的萌芽研究研究成果報告書 = 2011 Fiscal Year Final Research Report. 2011 pp.4p.-, 2012-04-01. 金沢大学理工研究域生命理工学系
URL:	http://hdl.handle.net/2297/00051936

概要: mRNAのポリA鎖長を決定する、PACHINCO(Poly(A) Capture by Hairpin ChimericOligonucleotide)-RT-PCR法を構築した。本年度は本方法を全自動型DNA分析用マイクロチップ電気泳動装 … 置(Shimadzu社)に適用するための条件の最適化を実施した。その結果、poly(A-T)鎖を効率的に検出する泳動条件を決定し、さらに、自動電気泳動装置からの出力データを用いたpoly(A)鎖長分布解析プログラムを開発した。 We have developed a novel method to determine the length of poly(A) in eukaryotic mRNA, and designated as PACHINCO(Poly(A) Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR. In this year, we optimized the application of the method to an automated microchip electrophoresis system(MultiNA, SHIMADZU), including the development of the distribution analysis algorithm of a variety of poly(A) length. 研究課題/領域番号:23651184, 研究期間(年度):2011 続きを見る

論文

4. メタボローム法を基盤とした概日計中枢由来細胞の位相シフトと細胞間同調機構の解析

程, 肇 ; Tei, Hajime

出版情報:	平成23(2011)年度科学研究費補助金基盤研究(B) 研究成果報告書 = 2011 Fiscal Year Final Research Report. 2008-2011 pp.4p.-, 2012-04-01. 金沢大学理工研究域生命理工学系
URL:	http://hdl.handle.net/2297/00051937

概要: 本研究では概日リズム位相シフト及び細胞間同調機構に着目する。そこで、細胞の位相シフトに及び細胞間同調機構を司る分子を明らかにするために、主にメタボローム解析にプロテオーム解析を組み合わせた包括的データベースを構築した。その結果、細胞の位相シ … フトには、細胞のエネルギー状態、脂質代謝系、アミノ酸生合成系に含まれる分子が、さらに、細胞間同調には薬物代謝系酵素群による代謝物中間体、核酸生合成代謝物が関与している可能性を明らかにした。 This study is focused on the phase shift and inter-cellular entrainment of the cellular circadian rhythms. To clarify the molecule(s) these phenomena, I have constructed a database assembling the results of metabolomic and proteomic analyses. Metabolites involved in the determination of cellular energy states, lipid metabolism, and amino acid biosynthesis worked for the cellular phase shift ; and those involved in xenobiotics and nucleic acid metabolism functioned for cellular entrainment. 続きを見る

論文

5. 新規ポリＡ鎖長決定法を用いた翻訳と転写を結ぶ遺伝子発現制御プラットフォームの構築

程, 肇 ; Tei, Hajime

出版情報:	平成24(2012)年度科学研究費補助金挑戦的萌芽研究研究成果報告書 = 2013 Fiscal Year Final Research Report. 2012-04-01 - 2013-03-31 pp.4p.-, 2014-06-02. 金沢大学理工研究域生命理工学系
URL:	http://hdl.handle.net/2297/00056611

概要: 新規な真核生物のmRNAポリA鎖決定法であるPACHINCO RT-PCR 法を構築した。そして、本方法を全自動型DNA分析用マイクロチップ電気泳動装置に適用するための条件の最適化を実施した。その結果、実際にLarkによる哺乳類時計遺伝子P … er1 mRNA のポリA鎖伸長を、明快に確認することができた。さらにスループット性と、ポリA鎖長の分析精度を飛躍的に高めることを目的に、この方法を大規模シークエンサへ適用することを試みた。その結果、ラット視交叉上核由来細胞とマウス視交叉上核細胞において、多数のポリA 鎖長に概日リズムが見られるmRNAを集積することができた。 I have constructed a novel method for the determination of poly(A) in eukaryotic mRNA, and designated as PACHINCO RT-PCR. The method was optimized for the application of automatic microchip DNA sequencers, and the elongation of the poly(A) of Per1 clock gene transcripts was clearly determined. Subsequently, the method was applied for NGS sequencers for the improvement of the throughput and analytical precision for poly(A) determination. Accordingly, I have collected mRNAs with the circadian oscillation of poly(A) length in both a rat suprachiasmatic nucleus derived cell line and mouse suprachiasmatic cells. 研究課題/領域番号:24651212, 研究期間(年度):2012-04-01 - 2013-03-31 続きを見る

しぼり込み条件: